Gıda kaynaklı hastalıkların belirlenmesinde tam gen analizi (WGS)

Günümüzde uluslararası ticaretin artması patojenlerin kontrolü ve yönetiminde çevreyi daha da önemli duruma getirmiştir. Farklı coğrafi alanlardaki gıda kaynaklı patojen türlerinin genetik yapıları da farklıdır. Gıda kaynaklı patojenlerin tanımlanmasında serotip ve faj tiplendirmesi uzun zamandır uygulanmıştır. Daha sonra kullanılan ribotyping, PCR ve Pulsed Field Gel Electrophoresis gibi genetik analiz yöntemleri birbirine çok yakın olan suşları ayırt etmede dolayısı ile bulaşmanın ana kaynağını bulmada yetersiz kalmıştır. Doğru tanımlama için mikroorganizmanın bütün genlerinin belirlenmesine (WGS) ihtiyaç duyulmuştur.. WGS uygulamasındaki verileri ancak patojen- ekoloji ilişkisini iyi bilen eğitimli kişiler yorumlayabilir. Multidisipliner bilim insanları insan, hayvan ve çevre sağlığını birlikte değerlendirerek, kök nedenleri açığa çıkarıp, pratik çözümler üretebilmelidir.

Gıda zincirinde son ürün bulaşmasında hasat öncesi bulaşma ve gıda işletmesi çevresinin önemli faktörler olduğu eskiden beri bilinmektedir. Günümüzde uluslararası ticaretin artması patojenlerin kontrolü ve yönetiminde çevreyi daha da önemli duruma getirmiştir. Gıda ticareti çok karmaşıktır. Bu karmaşık yapıya uluslararası seyahat eden salatalar, küçük ölçekli geleneksel gıda üretimleri, kültüre edilemeyen stresli mikroorganizmalar, dağıtım ve satış aşamalarındaki değişik sıcaklıklar ve uzun süreler dahildir. Bir salata büfesinde 100-150 çeşit malzeme kullanılmakta ve bunların her biri değişik ülkelerden gelebilmektedir. Örneğin Kaliforniya ıspanağı ile Çin karidesinde bulunan Salmonella suşları farklı olduğu gibi, ağır metallerin bulunduğu bir denizden avlanan balıktaki Salmonella da farklı olup, ağır metale adapte olmuş bir suştur. Farklı coğrafi alanlardaki gıda kaynaklı patojen türlerinin genetik yapıları da farklıdır. Gıda kaynaklı patojenlerin tanımlanmasında serotip ve faj tiplendirmesi uzun zamandır uygulanmıştır. Daha sonra kullanılan ribotyping, PCR ve Pulsed Field Gel Electrophoresis gibi genetik analiz yöntemleri birbirine çok yakın olan suşları ayırt etmede dolayısı ile bulaşmanın ana kaynağını bulmada yetersiz kalmıştır. Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) gibi, DNA veya RNA daki baz dizilişini esas alan tekniklerde mikroorganizmanın toksin oluşturmasından veya diğer virulan faktörlerinden sorumlu olan genler aranmakta idi. Bunun için prob olarak adlandırılan DNA parçaları kullanılırdı. Doğru tanımlama için mikroorganizmanın bütün genlerinin belirlenmesine (WGS) ihtiyaç duyulmuştur. Whole Genome Sequencing (WGS) adı verilen, pahalı olmayan ve kullanımı kolay olan bu yöntemi FDA 2008 den beri kullanmaktadır. Ancak WGS nin başarısı için iyi bir bilgi bankasına ihtiyaç vardır. Genome Trakr adını verdikleri bankada 252 binden fazla izolatın gen haritası çıkarılmış olup, her ay 5000 den fazla izolat eklenmektedir. WGS uygulamasındaki verileri ancak patojen- ekoloji ilişkisini iyi bilen eğitimli kişiler yorumlayabilir. Multidisipliner bilim insanları insan, hayvan ve çevre sağlığını birlikte değerlendirerek, kök nedenleri açığa çıkarıp, pratik çözümler üretebilmelidir.